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          • / 鄭杰 副教授、研究員
            郵箱: zhengjie@@shanghaitech.edu.cn
            電話:(021) 20684861
            辦公室: 信息學院2-302D室
            專業方向: 計算機科學與技術
          鄭杰 副教授、研究員

          電 話:(021) 20684861
          郵 箱:zhengjie@@shanghaitech.edu.cn
          辦公室:信息學院2-302D室
          個人主頁:https://shanghaitechzhengjielab.github.io/Zhenglab.github.io/index.htm
          專業方向::計算機科學與技術
          博士畢業院校:美國加州大學河濱分校

          研究領域

          • 數據科學

          • 生物信息學

          • 健康醫療大數據

          • 人工智能


          個人簡歷

          鄭杰博士于2000年6月獲得浙江大學計算機科學與工程學士學位(省級優秀畢業生),于2006年7月在美國加州大學河濱分校獲得計算機科學與工程博士學位。2006年8月至2011年2月,鄭博士在美國國立衛生研究院(NIH)下屬國家生物技術信息中心(NCBI)從事博士后研究。之后,他在新加坡南洋理工大學計算機科學與工程學院擔任助理教授,同時擔任新加坡科技研究局(A*STAR)基因組研究所(Genome Institute of Singapore)客座研究員。鄭杰博士于2018年6月加盟上??萍即髮W信息科學與技術學院任副教授。


          鄭杰博士已發表50多篇雜志論文(其中14篇影響因子5以上)及40多篇會議論文。他還擔任多個國際學術會議程序委員和審稿人(包括兩個會議的程序委員會共同主席),并每年多次為核心期刊審稿。他在新加坡主持完成3個國家級科研項目(總計兩百多萬新幣),并參與其它10多個合作項目。2015年鄭博士作為數學建模教練的南洋理工大學團隊在國際基因工程大賽(iGEM)獲得金牌。他還獲得2017年國際生物信息學大會(InCoB)最佳論文獎(金牌)。鄭博士曾連續兩次獲得南洋理工大學“優秀教師獎”提名。


          代表性論文

          1. Yong Liu, Min Wu*, Chenghao Liu, Xiao-Li Li, Jie Zheng, “SL2MF: Predicting synthetic lethality in human cancers via Logistic Matrix Factorization”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics(TCBB), in press, 2019 (IF= 2.428).

          2. Haifen Chen, Devamuni A.K. Maduranga, Piyushkumar Mundra, Jie Zheng, “Bayesian data fusion of gene expression and histone modification profiles for inference of gene regulatory network”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics(TCBB), PP(99):1, 2019 (IF= 2.428)

          3. Lichun Ma, Jie Zheng, “Single-cell gene expression data analysis reveals beta-cell dysfunction and deficit mechanisms in type 2 diabetes”, BMC Bioinformatics, vol. 19(Suppl 19), p. 515, 2018 (special issue of GIW 2018) (IF=2.213).

          4. Jing Guo, Jie Zheng, “HopLand: Single-cell pseudotime recovery using continuous Hopfield network based modeling of Waddington’s epigenetic landscape”, Bioinformatics, vol. 33, no. 14, pp. i102 – i109 (special issue of flagship conference ISMB/ECCB 2017, acceptance rate 16.5%), 2017 (IF= 7.307). 

          5. Lichun Ma, Jie Zheng, “A polynomial based model for cell fate prediction in human diseases”, BMC Systems Biology, vol. 11(Suppl 7), pp. 126, 2017 (Best Paper Award, Gold Medal, the 16th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2017)). 

          6. Jing Guo, Feng Lin, Xiaomeng Zhang, Vivek Tanavde, Jie Zheng, “NetLand: quantitative modeling and visualization of Waddington’s epigenetic landscape using probabilistic potential”, Bioinformatics, vol. 33, no. 10, pp. 1583 – 1585, 2017 (IF = 7.307).

          7. Jing Guo, Hui Liu, Jie Zheng, “SynLethDB: synthetic lethality database toward discovery of selective and sensitive anticancer drug targets”, Nucleic Acids Research, vol. 44, no. D1, pp. D1011 – D1017, 2016 (IF = 10.162).

          8. Haifen Chen, Jing Guo, Shital K Mishra, Paul Robson, Mahesan Niranjan, Jie Zheng, “Single-cell transcriptional analysis to uncover regulatory circuits driving cell fate decisions in early mouse development”, Bioinformatics, vol. 31, no. 7, pp. 1060 – 1066, 2015 (IF = 7.307).

          9. Jian-Ping Mei, Chee-Keong Kwoh, Peng Yang, Xiao-Li Li, Jie Zheng, “Drug-Target Interaction Prediction by Learning from Local Information and Neighbors”, Bioinformatics, vol. 29, no. 2, pp. 238-245, 2013 (IF = 7.307).




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